نقد قضایای تاریخی برای رسیدن به روایتی نزدیک‌تر به واقع سنتی همیشگی در میان دانشی‌مردانی بوده که با تاریخ در ارتباط بوده اند. اما انتشار کتاب «حماسه حسینی» باعث شد که نقد تاریخی ماجرای کربلا از میادین علمی به پای منبرها کشیده شود، جایی که دیگر سخن گفتن و نقد کردن یک طرفه بود و مخاطب توان تحلیل و یا نقد کردن این نقد را نداشت. نتیجه نیز روشن بود؛ نقد یک طرفه نه تنها در میان مخاطب ناآشنا حرف خود را به کرسی ‌نشاند، بلکه باب تشکیک را نیز باز کرد؛ پس از آن «منبر حسینی» در نگاه بسیاری به جایی برای جعل، تزویر و خرافات تبدیل شد و راه شک در هر چیزی که مخاطب یا نمی‌توانست و یا حتی نمی‌خواست بپذیرد باز شد.

کتاب حماسه حسینی در تشکیک‌های خود عمدتا بر کتاب مرحوم میرزای نوری «لؤلؤ و مرجان» استوار است و مثال‌ها و موارد را وامدار آن کتاب. از این روست که حماسه حسینی را می‌توان کشاندن تشکیک‌های میرزای نوری از میادین علمی به میان عامه مردم دانست.

علامه سید جعفر مرتضی با نوشتن کتاب «کربلا فوق الشبهات» به دفاع از منبر حسینی برخاست. از نگاه وی داستان کربلا نیز مانند هر داستان تاریخی دیگری محتاج نقد و بررسی است، اما در «حماسه حسینی» روش نقد تاریخی صحیح نیست و نکات بسیاری فراموش شده است، نکاتی که در بررسی هر مسئله تاریخی‌ای مورد نیاز است:

۱- دیدن همه کتاب‌های تاریخی نه صرفا آنچه دم دست و یا مشهور است.
۲- پی گرفتن ماجرا در کتب غیر تاریخی، مانند کتب حدیثی، زندگی‌نامه‌ها و انساب، جغرافیا و مانند این‌ها.
۳- توجه به منابعی که در دسترس ما نیست، بسیاری از نقدها بر این اساس که است که نقلی که در فلان کتاب قرن دهمی شده است را در منابعی که در دسترس ماست نیافتیم، درحالیکه گاهی نویسنده به منابعی اعتماد کرده که اکنون در اختیار ما نیست و در طول تاریخ از بین رفته، خصوصا در مواردی که می‌بینیم مولف منبعی را نام برده و صرفا چون در دسترس ناقد نبوده وی را به جعل و تزویر متهم کرده است.

۴- وثوق به یک مولف به معنای صحیح بودن تمام محتوای کتاب وی نیست: چه بسیار شده که در کتابی که نویسنده‌اش مورد وثوق است روایاتی نقل شده که با هم ناسازگار هستند، وظیفه خواننده عالم یافتن روایت صحیح است نه رد کردن کتاب و اتهام بستن بر نویسنده، وگرنه جز قرآن کریم کتابی برای ما باقی نخواهد ماند!
۵- محتوای صحیح همیشه درمنابع معتبر نیست: گاهی در منابعی که به گردآورندگانشان نیز اعتمادی نیست می‌توان روایاتی یافت که با شواهدی که از بیرون می‌یابیم صحتشان مورد تایید قرار می‌گیرد و قابل اعتمادند، پس نمی‌توان کتابی را تنها به این دلیل که نویسنده‌اش مورد اعتماد ما نیست به کلی کنار گذاشت.
۶- ارزش‌گذاری منابع بر اساس سازگاری آن‌ها با مدعا نباشد، چرا گاهی برخی، منابعی را که با ادعای ایشان سازگار نیست را تماما زیر سوال می‌برند و تنها به توثیق و مدح از منابعی می‌پردازند که با ادعای ایشان سازگار باشد!

۷- تاریخی که ثبت شده بسیار کمتر است از آنچه رخ داده، لذا هرچند می‌بایست برای اثبات وقوع رخدادی شاهدی برای آن یافت، اما اگر روایتی مشهور و سینه به سینه از تاریخ یافتیم که در میان کتب تاریخی شاهدی بر آن یافت نمی‌شود، نمی‌توان ادعای جعل و خرافاتی بودن را بر آن بست.

نویسنده در این کتاب ۲۵ ادعای شهید مطهری را یک به یک مطرح کرده و بصورتی اجمالی نقد و بررسی می‌کند، از نگاه او ۶ مورد مانند جمعیت یک ملیون و ششصد هزار نفری سپاه عمر سعد و نیز کشته شدن ۳۰۰هزار نفر به دست سیدالشهدا ع قطعا جعلی و باطل است، اما انکار ۱۹ مورد دیگر مانند قصه حضور مادر حضرت علی اکبر ع، عطش سه روزه، ماجرای اربعین و بسیاری دیگر را نا بجا می‌داند. وی سپس به تفصیل به بررسی داستان حضور لیلی مادر حضرت علی اکبر ع در کربلا می‌پردازد، چرا که این داستان شهرت بسیاری داشته و دارد و پس از حماسه حسینی به نمادی برای جعل تبدیل شد. وی در بررسی این داستان به منابع بسیاری ارجاع می‌دهد و حضور وی را در کربلا اثبات می‌کند.

کتاب کربلا فوق الشبهات، نمونه بارز یک نقد عالمانه است؛ احترام بسیار زیاد ناقد به نویسنده متن مورد نقد و نیز ارجاع به منابع فراوان، ارزشی دوچندان به این کتاب داده است. البته ارادت بسیار زیاد وی به شهید مطهری باعث شده که در بخشی مفصل به انکار نسبت کتاب به وی بپردازد و چاپ کتاب را که بعد از شهادت وی انجام شده برخلاف خواسته‌اش بداند. از این رو در تمام کتاب نقل قول‌ها را «منسوب» به شهید مطهری آورده و در فرض صحت نسبت نیز این را اشتباهی از او می‌داند که از هر کسی ممکن است سربزند چرا که «العصمة لأهلها».

این کتاب به خوبی نشان می‌دهد که بررسی و نقد تاریخی تا چه حد دقیق و سخت است و تندروی در بستن نسبت جعل و تزویر و خرافات‌بافی به دیگران تا چه مقدار نادرست است. اگر چه به برخی ادعاهای نویسنده دراین کتاب نیز می‌توان خرده گرفت، اما انتقاد اصلی وی به شیوه نقد وقایع تاریخی خصوصا داستان کربلا بسیار بجاست، نقدهایی که مدتهاست -خصوصا در فضاهای غیر علمی- باب شده و تنها نتیجه‌اش باز شدن باب تشکیک و اتهام جعل در قضایای کربلا.